A detecção do vírus Epstein-Barr por PCR verifica a presença do vírus no sangue através da reação em cadeia da polimerase (PCR). É usado para diagnosticar infecções ativas pelo vírus.
A detecção molecular de Epstein-Barr em líquido cefalorraquidiano (líquor) é usada para diagnosticar infecções neurológicas causadas pelo vírus Epstein-Barr.